Promulgada em 5 de outubro de 1988, a Constituição do Brasil estabeleceu diversas regras relacionadas direta ou indiretamente a conservação dos ecossistemas de águas interiores e dos recursos hídricos. No seu capítulo dedicado ao Meio Ambiente, a Constituição determina ao Poder Público a tarefa de "preservar e restaurar os processos ecológicos essenciais e prover o manejo ecológico das espécies e ecossistemas", "preservar a diversidade e a integridade do patrimônio genético do País...." e "proteger a fauna e a flora, vedadas, na forma da lei, as práticas que coloquem em risco sua função ecológica, provoquem a extinção de espécies ou submetam os animais a crueldade (art. 225, I, II e VII).

Em 1981, através da Lei 6.938 de 31 de 31 de agosto, foi instituída a política nacional do meio ambiente, que passou a considerar como recursos ambientais "a atmosfera, as águas interiores superficiais e subterrâneas, os estuários, o mar territorial, o solo, o subsolo, os elementos da biosfera, a fauna e a flora" (art. 3, V). A utilização destes recursos deve se pautar nos seguintes princípios: "racionalização do uso ...da água", "planejamento e fiscalização do uso dos recursos ambientais", "proteção de ecossistemas", "controle e zoneamento das atividades potencial ou efetivamente poluidoras", "incentivos ao estudo e à pesquisa de tecnologias orientadas para o uso racional e a proteção dos recursos ambientais", "acompanhamento do estado da qualidade ambiental", "recuperação de áreas degradadas e proteção de áreas ameaçadas de degradação" prevendo-se ainda a "imposição...ao usuário da contribuição pela utilização dos recursos ambientais com fins econômicos" (Lei 6.938/81, arts. 2º e  4º, VII).

Em 8 de janeiro de 1997 a Lei Federal 9.433 instituiu a Política Nacional de Recursos Hídricos e criou o Sistema Nacional de Gerenciamento de Recursos Hídricos.

O conhecimento da legislação ambiental é fundamental, pois é ela que dita as regras de uso e respalda as ações de gerenciamento do Poder Publico. Ademais, a legislação serve para identificar as responsabilidades jurídico-ambientais das pessoas físicas e jurídicas no tocante a conservação dos ecossistemas de águas interiores e da biodiversidade aquática.

Importa destacar que na legislação ambiental vigente existem três modalidades de penalidades, independentes entre si: a administrativa, a criminal e a civil. A penalidade administrativa é aplicada pelo próprio órgão ambiental (municipal, estadual ou federal), conforme as circunstâncias em que se der o dano. São as advertências, multas, suspensões e embargos das atividades.

A penalidade criminal é imputada pelo Poder Judiciário quando há prática de um crime ou contravenção penal, independentemente da ocorrência de dano ambiental. A penalidade civil é uma sanção imposta através de uma eventual ação de indenização movida em face do poluidor ou degradador. Verifica-se aí o dano ambiental causado, cabendo ao Juiz arbitrar o valor da reparação, que pode se configurar numa obrigação de pagar indenização ou na recomposição efetiva do ambiente degradado. Cada uma das penalidades pode ser aplicada sem prejuízo das demais, isolada ou cumulativamente.