O programa de microbacias tem seu objetivo voltado para duas frentes: uma na educação ambiental e outra na formação de gestores comunitários.

O trabalho de educação ambiental foi iniciado em 2004, na comunidade do rio Cambucás em Silva Jardim, com o projeto "Comunidade em ação nas microbacias". O trabalho "Conhecendo e mapeando nosso endereço ecológico" foi realizado junto as escolas onde os alunos eram levados a conhecer e identificar a bacia hidrográfica onde moram, ajudando a levantar um diagnóstico da mesma.

Uma primeira reunião entre o CILSJ e líderes comunitários de Cambucás já foi realizada, como início da formação de um pequeno comitê daquela microbacia, onde haverá a participação da comunidade e de representantes do governo para a identificação dos principais problemas e busca de soluções para os mesmos, a exemplo do que acontece nos grupos de trabalho das bacias maiores. 

O projeto prevê a aproximação da comunidade aos órgãos responsáveis por cada questão, levando-os para a discussão nas reuniões das microbacias e solucionando, ali mesmo, problemas de esgoto, de faixa ciliar, de assoreamento de rios, crédito rural entre outros. Essa experiência piloto será reproduzida em outras microbacias de forma que, no futuro, possa existir no Comitê Lagos São João, um representante de cada microbacia.

O projeto "Comunidade em ação nas microbacias" será iniciado, em breve, nas comunidades do rio Jundiá em Rio das Ostras e nas nascentes do rio Bacaxá em Rio Bonito.