No dia 08 de março de 2006, nas dependências do Ver a Vista Hotel em Araruama foi relizado o II Encontro de Unidades de Conservação da região.  

Continuando os trabalhos do I Encontro de Unidades de Conservação realizado em abril de 2005, foram atualizados os diagnósticos de todas as Unidades de Conservação inseridas na Bacia Lagos São João, e proposto um Plano de investimentos para aplicação de recursos oriundos de compensações ambientais, previsto no SNUC – Sistema Nacional de Unidades de Conservação.

Será editado pelo Consórcio Lagos São João, nos próximos dias, um documento originado durante o Encontro, descrevendo o grau de efetividade das Unidades existentes, bem como do orçamento necessário para o cumprimento de suas funções. Um dos objetivos principais deste documento é dar uma diretriz, principalmente a Câmara de Compensação do IBAMA, para que aplique os recursos das compensações do setor de exploração de petróleo, obedecendo as prioridades estabelecidas. O documento também será incorporado ao Plano de Bacia Lagos São João, pois também propõe diretrizes de ação considerando as diversas unidades existentes, confirmando o propósito de se gerenciar de forma integrada as Uc's através da  Gestão por Mosaico.

Durante o encontro foram debatidos ainda a aplicação de recursos do “PDA – Mata Atlântica”, programa do Ministério do Meio Ambiente, no qual o CILSJ teve um projeto contemplado, justamente para implantação de planos de manejo e efetivação de UC's.