O Consórcio Intermunicipal Lagos São João, criado em dezembro de 1999, tinha como uma de suas principais atribuições a consolidação da Política Nacional e Estadual de Recursos Hídricos na Região.
 

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Este objetivo foi em parte alcançado no dia 23 de fevereiro de 2005, com a posse dos representantes titulares e suplentes do Comitê de Bacia Lagos São João, criado pelo Decreto Estadual no 36.733 de dezembro de 2004.
 

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Agora o Consórcio Intermunicipal Lagos São João possui, além de suas demais atribuições estatutárias, a missão de desempenhar a função de Secretaria Executiva do Comitê de Bacia. Em outras palavras, o Consórcio passa a se dedicar aos projetos de gestão integrada e recuperação ambiental da região, que são deliberados pelo Comitê.